Если при выполнении запроса или импорте базы данных из дампа получаем такую ошибку, то в первую очередь правим:

nano /etc/my.cnf

# Время ожидания закрытия соединения
wait_timeout = 600
# Максимальный размер пакета
max_allowed_packet = 64M

service mysql restart